土壤或基质的消毒
为消灭线虫、根癌菌、害虫及杂草种子，必须对土壤进行消毒，消毒有7种方法。
1、药剂熏蒸消毒法
熏蒸前先将土壤翻松，防止土壤过干或过湿，否则效果不佳。常用药剂有氯化苦、溴化甲烷、棉隆、安百亩等。
氯化苦每亩使用22L，平均30cm挖一穴，注入3～4ml，然后覆盖塑料薄膜，使毒气扩散到土壤中发挥作用，氯化苦有强烈的刺激性气味和催泪性，而且效果受温度影响，冬季温度低时气体扩散效果不良，处理后需要10～14d大土壤中毒气全部消除后才能定植；
溴化甲烷气体扩散能力强，消毒效果好，处理4～5d后即可一定植，每亩施用两20kg左右，消毒后翻动土壤或大量灌水溶解带走毒气，有时会出现轻微药害。荷兰温室中大部分采用溴化甲烷消毒；
棉隆是一种固体土壤消毒剂，微粒或者粒剂出售，可以直接散布在土壤表面，与土壤混合后用塑料膜覆盖，没有刺激性气味，使用也比较方便，对月季不产生药害，每亩地使用20～24kg，如果处理栽培床，14kg/亩，覆盖6～7d后揭开塑料膜，翻耕2～3次将气体散发掉；
安百亩没有刺激性气味，对多种病原菌、线虫、杂草种子、有较好的杀伤作用，没有药害，冬季使用容易产生药害，气体散发时间比氯化苦更长，
2、高温消毒法
常用蒸汽、热水、烧炒、太阳能等加热土壤或基质。
2、蒸气消毒法
用布等覆盖土面，通入蒸气，保持82℃ 30min，多数土壤病原菌在60℃时30min即会死亡，多数杂草种子80℃10min死亡，该方法快速、安全、效果好。
4、热水管道消毒法
在土壤中埋设热水管，利用水泵和锅炉将80～90℃的热水在管道中循环，使土壤温度达到60℃，加温2～3d后，30～40cm深度范围内实现土壤消毒，此方法铺设管道费用较大，费时较长。
5、喷洒热水消毒法
将80～90℃的热水通过耐热管道直接喷洒到土壤表面，散水两150～200mm，充分浸水的30cmm土壤温度达到45～60℃，可以维持数小时，但浸水不充分的地方温度就低的多，消毒效果不好，因此消毒前需要充分翻耕土壤，使土壤均匀一致，深度40cm以上，周围用隔板围住，防止热水外流，洒水后用塑料膜覆盖土壤保温，此方法耗水较多，消毒不易均匀，会引起土壤中营养成分改变，随消毒时间延长，土壤pH值上升，EC值下降，氨态氮浓度上升，硝态氮浓度下降，钾、钙、镁浓度下降，有较好除盐效果，没有毒害
6、烧炒消毒法
用火直接加热锅或铁板上的土壤、基质，进行消毒。目前已开发出旋转式烧炒消毒炉。
7、太阳能消毒法
夏季高温季节，将设施内土壤翻耕后大量浇水，用塑料膜将地面全部覆盖，设施封闭1周左右，由于高温和温室效应，设施内气温达到50℃以上，土温也能达到50℃，可以杀灭病菌杂草，此外除盐效果非常显著，单局限于高温季节，设施空闲时间长，但简便易行，经济性好。